1978年、悲願の日本一を達成した。第7戦に主砲・大杉が足立から左翼ポール付近へ本塁打。このアーチが「ファウルだ」と阪急・上田監督は79分の猛抗議。大杉は8回にもアーチを放ち、Vを飾った。

セ・リーグが発足した1950年1月、当時の国鉄総裁が「全国鉄職員に健全なレクリエーションを」と呼びかけて結成された国鉄スワローズが元祖。

50年シーズン中に亨栄商高を中退して入団した左腕・金田正一がチームを支えた。2年目には早くも22勝、強打の巨人打線にも真っ向勝負を挑んだ。

65年4月、「サンケイスワローズ」となり、70年にはサンケイから現在のヤクルトへ経営権が譲渡され、広岡達朗監督3年目の78年、ついに球団創設以来29年目の初リーグ優勝、日本シリーズでも阪急を破って日本一に。小さな大打者・若松勉、長距離砲の大杉勝男、速球エースの松岡弘が投打の中心だった。

87年からの関根潤三監督時代に、広沢克己、池山隆寛の強打者が成長。90年に就任した野村克也監督は、ID野球を浸透させて92、93年と連覇を達成し、93、95、97年に日本一となった。99年から若松監督が指揮を執ると2001年には4年ぶりの日本一。

青木が7月4日の中日戦（秋田）でイチローに次ぐスピードの770試合での1000安打。また、シーズン2度目の200安打に到達。阪神・マートンには及ばなかったものの209安打を放った。

05年には青木宣親がシーズン200安打（202）を達成した。06年より捕手の古田敦也が球界29年ぶりのプレーイング・マネジャーに就任。この年は岩村明憲、青木、ラミレス、ラロッカ、リグスらの打線がリーグ1位の169本塁打を放ち3位。しかし翌07年、21年ぶりの最下位で古田兼任監督は退任・引退した。青木が2度目の首位打者、ラミレスはリーグ新となる204安打、グライシンガーが最多勝。それでもチームは浮上できなかった。

08年には高田繁新監督が就任。リグスら外国人選手の誤算が響き5位に終わったが、石川雅規が防御率1位（2.68）となり、42盗塁で初の盗塁王となった福地寿樹を筆頭に、チーム148盗塁とテーマに掲げていた機動力は見せつけた。09年は館山昌平が16勝で初の最多勝に輝き、石川が13勝と左右の2本柱を形成。しかし続く先発投手が不足し、リリーフ陣の疲労もたまった夏場に失速。故障者も続出した。それでもギリギリでAクラスを死守。初のクライマックスシリーズへ進出した。10年は成績不振により高田監督が5月18日に引責辞任。19日から小川淳司ヘッドコーチが監督代行として指揮を執り、チームを再生させた。最大19あった借金を返済し、最終的には貯金4（リーグ4位）にまでチームを引き上げた。この手腕が評価され、シーズン終了後に監督に昇格した。

球団名変遷

1950～1965	国鉄スワローズ
1965	サンケイスワローズ
1966～1968	サンケイアトムズ
1969	アトムズ
1970～1973	ヤクルトアトムズ
1974～2005	ヤクルトスワローズ
2006～	東京ヤクルトスワローズ

フランチャイズ球場変遷

1952～1963	後楽園球場
1964～	明治神宮野球場